In de Medezeggenschapsraad zitten drie ouders en drie teamleden.
De directie is adviserend lid.
De MR bespreekt zaken aangaande school, bewaakt het beleid en het proces van
school en onderhoudt de contacten met het bestuur.
Er is ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad(GMR).
In de GMR is een afvaardiging van ouders en leerkrachten van alle scholen
vertegenwoordigd, vallend onder het bestuur van Zaan primair.
Lourens Westendorp zit namens De Watermolen in de GMR.
De ouders in de Medezeggenschapsraad:
Mia van Westrop, Lourens Westendorp en Nicole Schuttevaêr.
Teamleden in de MR: Mara Ros, Daniëlle Mulder en Sandra Hempenius
Adviserend lid: Erna Heijnis (directeur)